很多人在讨论SEO的优势时会提到，SEO是免费的。其实SEO并不免费，也是要付出成本的。这里所说的成本不是指使用其他公司来优化网站的服务费用。就算你的网站不用任何外部服务，也不买任何软件，完全自己动手优化，也还是要付出成本的。有时这个成本还很高。
人力成本最显而易见的是人力成本。网站本身一般来说只要大规模优化一次，以后再小幅度修改即可，这部分的人力成本也许可以算入技术*。但是外部链接建设、网站流量的跟踪、SEO策略更正、发现热点建设专题内容、遇到问题时分析寻找原因等这些工作，都不是一次性的，需要常年进行，这就必然需要有专门的SEO人员。对上些大网站来说，可能还需要一个SEO团队，工资等到人力成本往往比外部服务费还要高很多。
机会成本
另一个不容易直接看到的是时间及机会成本。通过SEO做流量是需要一段时间的，尤其是新网站。不要指望几个月内有很好的流量，对SEO的预期效果至少要放在半年到一年之后。但网上机会稍纵即逝，某些当红类型的网站要想迅速占领市场，靠SEO推广是不现实的。等到过了半年一年，早就过这个村没这个店了。想象一下推广诸如凡客成品、开心网这类网站，SEO根本就不是一个选项。等到你通过SEO做出一定流量，竞争对手早就占领市场和用户的头脑了。
所以SEO只适用于那些耗得起时间的网站，半年到一年之后，市场不到于出现惊人的变化。
最终是否有效果也是SEO的一个风险。搜索引擎不是我们开的，谁也没法百分之百确保做了SEO，就一定能有排名和流量。再历害的SEO也不能百分之百肯定。相信一些网站有这样的经验，花了时间、人力、精力、服务费，却没有什么效果。
这与PPC是不同的，PPC只要花钱就一定有流量，SEO做了却没有效果是经常发生的。在这种情况下，使用PPC、网络广告、事件营销、口碑传播等要比SEO划算得多。
就算通过SEO得到了很好的流量，也可能导致过度依靠搜索引擎流量的风险。我看过一些网站，搜索流量占到总流量的80%-90%甚至更高。这一方面说明SEO作是不错，另一方面也意味着很大的潜在威胁。一旦搜索引擎改变算法，哪怕并不是针对你的网站有任何时候惩罚，也可能造成流量急剧下降甚至消失。如果没有点击流量和直接访问流量作为平衡，很可能对网站是一个致命性的打击。SEO做是好的公司和站长，还必须花费更多我精力去开拓流量来源，千万不可过度依赖搜索流量。
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