1950年8月,经湖南省人民批准,湖南省卫生技术学校益阳护士部成立,校址设益阳市桃花仑信义医院内,由医院办校。
1953年5月,湖南省卫生厅决定湖南省益阳护士学校停办,将在校学生全部迁转至湖南省常德护士学校学习。
1958年7月,湖南省卫生厅委托益阳人民医院办校,9月,常德专员公署行文成立湖南省益阳助产医士学校,校址设益阳人民医院内。
1962年8月,湖南省卫生厅决定益阳助产医士学校停办。
1965年3月,经湖南省人民委员会批准,成立湖南省益阳卫生学校,校址设益阳市大渡口。
1966年8月,学校迁址益阳市桃花仑易家村。
1968年9月,经益阳地区革命委员员批准,益阳卫生学校革命委员成立。
1970年4月,益阳卫校复办,由益阳地区人民医院办校,校址仍设益阳市桃花仑易家村。
1971年9月,学校与益阳地区人民医院分设,单独办校,更名为益阳地区卫生学校。
1972年3月,中共益阳地共卫生学校总支委员会成立。
1977年9月,恢复高考,学校从高考统考中录取新生。
1977年12月,学校开设附属门诊部。
1978年11月,中共益阳地区卫生学校委员会成立。
1979年10月,中共湖南医益阳分院、益阳地区卫生学校委员会成立。
1982年5月,湖南省人民撤销湖南医益阳分院,推撤销后益阳卫校仍保留大专班。
1984年10月,学校附属门诊部改为附属医院。
1994年,益阳撤地建市,学校更名为益阳卫生学校。
2007年3月,经湖南省人民和教育部批准,学校升格为益阳医学高等专科学校。学校从益阳市康富北路整体搬迁至迎宾东路516号。
2017年1月,桃江县人民医院、益阳市第四人民医院成为学校非直属附属医院。
2019年6月,石门县人民医院成为益阳医学高等专科学校附属医院。7月,桃江县中医医院成为学校非直属附属医院。10月,学校获批教育部第二批"1+X"职业技能等级证书制度试点,入选母婴护理、失智老年人照护两个职业技能等级证书试点。